A primeira universidade portuguesa é fundada em Lisboa, em 1290. Depois de várias idas e vindas entre Lisboa e Coimbra, estabelece-se definitivamente nesta cidade, em 1537. Até 1772, a influência religiosa sobre a universidade é predominante. Nesse ano, porém, é introduzida a reforma pombalina, que revê os métodos e os conteúdos de ensino então adotados, estando associada a uma mudança mais ampla, pretendida pelo ministro do rei d. José I, o marquês de Pombal. A universidade tem seus cursos remodelados de forma a contemplar as teorias científicas e filosóficas então em voga, especialmente aquelas influenciadas pelo iluminismo. É ela a responsável pela formação de uma elite erudita que preenche os altos cargos do governo, pronta a aplicar concretamente os conhecimentos adquiridos, promovendo assim o progresso econômico do Império português. Entre os formados nesta universidade estão vários brasileiros, entre eles José Bonifácio.