Logo após sua abdicação – que dá início ao período das regências – e antes de partir rumo à Europa, d. Pedro I nomeia José Bonifácio tutor dos seus filhos menores e responsável pela educação do pequeno imperador d. Pedro II. Em documento oficial, o ex-imperador reconhece a importância de Bonifácio como homem “muito probo, honrado e patriótico”, seu “verdadeiro amigo”. Naquele momento, contudo, a influência sobre seus filhos, particularmente sobre o menino imperador, é um dos focos da luta política, e a nomeação de Bonifácio como tutor choca-se com resistências iniciais do Parlamento, ao qual de fato, de acordo com a primeira Constituição do Brasil, cabia tal nomeação. Este é um típico exemplo dos conflitos entre o legislativo e o executivo, que marcam o período imperial. Após tensas negociações, que se estendem por meses, o legislativo renomeia Bonifácio como tutor, em agosto, ao mesmo tempo afirmando sua autoridade e atendendo ao desejo do imperador deposto. A tutoria de José Bonifácio – que vai de 7 de abril de 1831 até 15 de dezembro de 1833 – é um período turbulento, devido a suas divergências com os regentes, que desde o início tentam afastá-lo do cargo, e com parte dos empregados do paço imperial, residência do menino imperador.
A primeira tentativa de afastamento de Bonifácio parte de Diogo Antônio Feijó, então ministro da Justiça. Além de tudo, Bonifácio é constantemente acusado de tramar a volta de d. Pedro I ao poder.
Com relação à educação das princesas e do jovem imperador, José Bonifácio mantém os professores que já lecionavam para as crianças imperiais: Simplício Rodrigues de Sá (desenho e pintura); Fortunato Mazziotti (música e composição); Luís Lacombe (dança); Guilherme Tilbury (inglês); frei Severino de Santo Antônio (português); e o padre Boiret (francês), depois substituído por Félix Antônio Taunay. Escolhe para dirigir a educação de d. Pedro II o padre carmelita Pedro de Santa Mariana, que elabora um programa de estudos enfatizando a formação básica e literária, em detrimento da formação para os negócios de Estado e as atividades militares. Entretanto, o relacionamento de José Bonifácio com a camareira de d. Pedro II, d. Mariana de Verna, é conflituoso durante todo o período da tutoria.
No ano de 1833, nova leva de acusações contra o tutor implica-o com planos para o retorno de d. Pedro I. Agora Bonifácio é destituído pela Regência Trina Permanente. Ele chega a ser preso, para em seguida aposentar-se, indo viver em Paquetá. Em substituição a José Bonifácio, é escolhido como novo tutor o marquês de Itanhaém.