A reação ao fechamento da Constituinte se intensifica em Pernambuco com a chegada do projeto da primeira Constituição preparado pelo Conselho de Estado, que deveria ser jurado pelas câmaras municipais. Tanto a de Recife como a de Olinda recusam-se a sancionar o projeto – apesar do bloqueio naval na cidade, promovido pela esquadra encarregada de levar o texto constitucional e tomar as medidas cabíveis contra eventuais reações. A recusa leva a uma rápida escalada do conflito. D. Pedro I indica novo governador para a província, mas as câmaras se negam a aprovar a substituição. Em 2 de julho de 1824, o governador Pais de Andrade, com o apoio da população, proclama a Confederação do Equador, uma república nos moldes da norte-americana, e envia emissários para que consigam adesões nas províncias vizinhas.

Enquanto o apoio não vem, os líderes pernambucanos, chefiados por frei Caneca, convocam uma Constituinte e passam a organizar o governo. É decretada uma Constituição provisória, e proibido o tráfico de escravos no porto do Recife. A violenta reação do governo imperial não tarda. A província de Pernambuco é dividida, passando parte dela para a administração de Minas Gerais, então fiel a d. Pedro I. Ao mesmo tempo, é enviada para a região uma esquadra de mercenários, chefiada por Thomas Cochrane, além de tropas terrestres. As instruções do governo central são claras: “não admitir concessão ou capitulação alguma, pois a rebeldes não se deve dar quartel”. Além disso, as tropas levam decretos suspendendo as liberdades individuais e instituindo tribunais militares para julgar os rebeldes.

Os conflitos começam em agosto, logo após a chegada da esquadra. Os confederados conseguem organizar um exército, que resiste como pode aos 3.500 homens bem treinados vindos do Rio de Janeiro. Depois de alguns combates, as tropas imperiais invadem Recife em 12 de setembro de 1824, incendiando e saqueando a cidade.

Em seguida, novos combates são travados em Olinda, para onde os rebeldes haviam se retirado. As tropas do governo tomam a cidade, e não respeitam os termos de capitulação que haviam combinado com alguns rebeldes.

O exército da Confederação refugia-se então no sertão, sempre acossado pelas tropas imperiais. Em cada combate perde alguns homens. Sem possibilidade de resistência, rende-se afinal no dia 29 de novembro de 1824, já no interior do Ceará.